Para el 2023, se cuenta con aguas residuales tratadas de manera segura en el 80% de los distritos urbanos.
Solo el 11% cuenta con cobertura de alcantarillado sanitario y apenas el 2% de las aguas residuales son tratadas. Según el Plan Nacional de Agua y Saneamiento del MOPC, “solo algunos sistemas de alcantarillado sanitario poseen sistemas de tratamiento de las aguas antes de su descarga en el cuerpo receptor de agua superficial. En la región metropolitana de la capital del país, la zona céntrica de la ciudad de San Lorenzo es la única con un sistema de tratamiento, el cual, a su vez, se encuentra rebasado en su capacidad. Otras ciudades del país con sistemas de tratamiento de relativa importancia (en los cascos urbanos) son San Bernardino, Coronel Oviedo, Villarrica, Caaguazú, Pedro Juan Caballero, Encarnación, San Pedro del Ycuamandiyu, Villeta, Hohenau, operados por la ESSAP S.A. y por Juntas de Saneamiento. En el Paraguay no existe una Planta de Tratamiento terciario, las existentes son de nivel primario y en menor medida secundario”.